La chirurgie orale traite les maladies en dehors du domaine d’activité du stomatologue généraliste.

La chirurgie orale et maxillo-faciale comprend le traitement chirurgical des parties molles cervicales et faciales, des os du viscérocrâne (crâne viscéral), des glandes salivaires, de l’articulation temporo-mandibulaire, des difformités et des malformations crânio-faciales, la chirurgie plastique reconstructive dans la sphère buccale et maxillo-faciale et le traitement chirurgical dento-parodontal.

La résection apicale représente l'élimination des granulomes ou des kystes péri-radiculaires. Celle-ci peut être réalisée juste après un traitement endodontique correctement effectué ou bien le traitement endodontique est effectué sous champ opératoire hermétique.

L’extraction des dents incluses représente l’exposition chirurgicale des dents incluses afin de les aligner sur l’arcade dentaire.
 
La chirurgie des tissus mous et de soutien comprend des travaux de gingivoplastie, la correction du sourire gingival (gummy smile), le traitement des récessions gingivales, le curetage parodontal fermé ou ouvert, l'alvéoplastie, des augmentations osseuses.

L’augmentation osseuse représente une manoeuvre nécessaire pour corriger certaines anomalies osseuses résultant à la suite des traumatismes, pour des lésions parodontales étendues et des iatrogénies, mais aussi pour l'obtention des crêtes alvéolaires suffisamment grandes en vue de l'insertion des implants.

Le sinus lift représente une manœuvre d'augmentation osseuse dans la partie latérale du maxillaire afin d’obtenir une hauteur suffisante pour l'insertion des implants dentaires.

La correction des dysfonctions de l'articulation temporo-mandibulaire se réalise en corrigeant les contacts entre les dents ou les arcades et en rétablissant la dimension verticale d'occlusion.

Le traitement de l'édentation partielle ou totale avec des implants.